這種情況比較多見，特別是配置流動相時，兩種或多種溶劑混合，會導致液體熱力學體積的變化，易產生氣泡，這種氣泡通常比較明顯，有些還會掛在瓶壁或管壁上，晃一下可以看到有許多小氣泡存在液體中。

對溶劑過濾，超聲脫氣，或者儀器上加裝在線脫氣機，或者充氮脫氣，同時保持室內恒溫。

根據過濾頭的材質選擇合適的處理方式，不可超聲的可用10%的稀硝酸溶液浸泡后，用純水清洗掉酸的殘留；可超聲的直接超聲處理就可以了，必要時需更換新的濾頭。

3. 泵壓力波動

泵壓力非正常波動時要注意，如果非管路氣泡所致，就要考慮是否是單向閥或泵內部原因造成。

拆下泵頭，用甲醇或異丙醇超聲清洗單向閥、密封圈和泵頭整體，用酒精棉花擦拭柱塞桿，必要時更換密封圈、單向閥、柱塞桿等。

4. 進樣時進氣泡

進樣時帶入氣泡，或者進樣針中帶入氣泡。

多次沖洗進樣針，在進樣前，注意排除進樣針里的氣泡。

5. 色譜柱進氣泡

這種情況氣泡比較難排，可嘗試用純甲醇小流速長時間沖洗反相色譜柱，隨后逐步加大流速直至1mL/min，直至色譜柱壓力平穩。或者更換色譜柱。

6. 流通池積存氣泡

如果流通池積存氣泡，會對基線噪音造成較大影響，基線會很亂。

在不接色譜柱的前提下，可采用突然增大流量的方法來除氣泡；或者啟動輸液泵的同時，用手緊壓住廢液管出液端，使池內增壓，然后放開，反復操作數次，可去除流通池內的氣泡。操作過程中需要觀察吸光度值的變化，如果變化劇烈，說明流通池內有氣泡未排出，待數值基本不變時，說明排氣泡成功，再觀察基線是否趨于平穩。需要注意的是，增壓的時候不要增加太多，以免造成流通池破裂。